● 土地整治相关资金向补充耕地任务重的地区和粮食主产区、主产县倾斜；2010年起，财政部、国土资源部将结合农村土地整治规划和年度补充耕地计划，调整和完善中央分成新增建设用地有偿使用费的分配和使用
● 结合土地整理复垦开发重大项目、“万村土地整治”示范工程等，集中安排新增建设用地土地有偿使用费、耕地开垦费、土地复垦费和用于农业土地开发的土地出让收入；探索建立土地整治相关资金使用管理奖惩机制
为进一步加强土地整治相关资金管理，切实提高资金使用效益，日前，财政部、国土资源部联合下发《关于加强土地整治相关资金使用管理有关问题的通知》，要求统一思想，规范管理，统筹安排，加强监督，提高土地整治相关资金使用效率和效益。
《通知》指出，统一思想，充分认识加强土地整治相关资金管理的重要意义。地方各级财政、国土资源部门要按照党的十七届三中全会提出的有关大力推进农村土地整治的要求和经济社会发展战略高度，进一步统一思想，提高认识，建立健全土地整治相关资金使用管理办法，严格执行各项管理制度，切实抓好资金分配、使用和监督管理各个环节的工作。
《通知》要求，规范管理，严格审核土地整治项目支出预算。地方各级财政、国土资源部门要切实加强土地整治项目预算管理。地方各级国土资源部门要认真做好土地整治项目的可行性研究、规划设计、预算编制以及项目实施的监督检查、竣工验收等工作；各级财政部门要认真做好土地整治项目预算的审核下达、资金拨付以及监督管理工作。省级财政、国土资源部门要认真组织并督促落实土地整治项目预算实施和管理工作。同时，建立健全设计规范、内容全面、关系明晰的土地整治相关资金统计报表体系，建立有效的资金收支逐级报告制度，为科学安排资金、加强资金监管提供可靠的数据支撑。
《通知》要求，统筹安排，提高土地整治相关资金使用效率和效益。一是充分发挥规划控制作用，合理引导资金投向。各地要严格按照土地利用总体规划的要求，充分考虑水资源和生态环境等因素影响，制定本地区农村土地整治规划，资金的安排使用要符合规划的要求。同时，加大对补充耕地任务重的地区和粮食主产区的投入力度，确保土地整治相关资金向补充耕地任务重的地区和粮食主产区、主产县倾斜。为进一步提高资金使用效益，从2010年起，财政部、国土资源部将结合农村土地整治规划和年度补充耕地计划调整和完善中央分成新增费的分配和使用。
二是严格控制资金支出范围，减少资金闲置和结余。各地要严格按照土地整治相关资金的支出范围规范使用，严禁挤占、挪用和擅自扩大支出范围。对于耕地后备资源短缺的地区，省级财政、国土资源部门应及时完善土地整治相关资金分配使用管理办法，实现资金量与工作量的平衡，确保土地整治相关资金有效使用。同时，要简化项目申报程序，提高资金运行效率。
三是突出工作重点，充分发挥资金组合效力和规模效益。各地要按照《财政部国土资源部关于中央分成的新增建设用地土地有偿使用费分配使用及管理有关事项的通知》（财建〔2009〕286号）要求，结合国家确定的土地整理复垦开发重大项目、“万村土地整治”示范工程等重点任务，将中央分配和地方留成的新增建设用地土地有偿使用费、耕地开垦费、土地复垦费和用于农业土地开发的土地出让收入集中安排，努力提高资金的规模效益。
《通知》提出，加强监督，促进土地整治相关资金管理规范化、精细化。省级财政、国土资源部门要按照《中央分成新增建设用地土地有偿使用费稽查暂行办法》（财建〔2008〕30号）等要求，抓紧制定和完善本地区土地整治相关资金使用监管制度，加强对资金使用的监督检查和绩效考评。要强化事前和事中监督，促进监督和管理的有机融合，充分调动各级财政、国土资源部门的监管力量，建立部门联动的监督检查机制，加大监督检查力度。要自觉接受审计、纪检、监察等部门的监督。
财政部、国土资源部将积极探索建立土地整治相关资金使用管理奖惩机制，对使用管理效果明显的地区，在分配新增建设用地土地有偿使用费额度中给予适当奖励；对使用管理不到位、资金结存额度大的地区，相应扣减新增建设用地土地有偿使用费资金分配额度。同时，财政部、国土资源部将择机对《关于加强土地整治相关资金使用管理有关问题的通知》的落实情况开展专项检查，加大对各种违法违规行为的处罚力度，以严肃各项纪律，确保土地整治相关资金使用的规范化、精细化。
